حياته في المدينة(اختيار الخليفة)

بعد وفاة النبي محمد قام علي بتغسيل وتجهيز جثمانه للدفن، وفي هذه الأثناء اجتمع الأنصار في سقيفة بني ساعدة ورشحوا سعد بن عبادة ليكون خليفة للمسلمين، وحين سمع أبو بكر وعمر بهذا توجها إلى السقيفة وأكدوا على أحقية المهاجرين بالخلافة كما تقول المصادر السنية ودار جدال بينهم، في النهاية تم اختيار أبا بكر ليكون خليفة النبي، بعدها توجهوا لبيت علي لأخذ البيعة منه.[62][63]
يروي بعض المؤرخين أن عليا كان مقتنعا بأحقيته في الخلافة،[64] واعتقد أن المسلمين سيختاروه في السقيفة، فقال حين وصله نبأ ترشيح الأنصار لسعد بن عبادة: «لو كانت الامامة فيهم، لم تكن الوصيّة بهم» ثم قال: «فماذا قالت قريش؟» قالوا: «احتجّت بأنّها شجرة الرسول»، فقال: «احتجّوا بالشجرة وأضاعوا الثمرّة»،[65] فاجتمع علي وبعض الصحابة المحتجين على خلافة أبي بكر في بيت علي ومنهم طلحة بن عبيد الله الزبير بن العوام وأمه صفية عمة النبي، ولكن السنة يصححون رواية تقول أنه تقبل الأمر ورضي بخلافة أبي بكر،[66][67][68] كما وافقهم في هذا ذلك بعض الفقهاء الشيعة أمثال محمد حسين كاشف الغطاء في كتاب أصل الشيعة وأصولها حيث قال أن علي قد بايع وسالم. وتؤكد بعض المصادر أن علي بن أبي طالب احتفظ بدور كبير خلال عهود الخلفاء الثلاثة الذين سبقوه، وكانوا يستشيروه في الكثير من الأمور.[69]
بينما يؤكد أغلب الشيعة وبعض الباحثين المعاصرين روايات تقول أنه بايع كارها وتنفي بعضها مبايعته لأبي بكر.[62] كما يعتبر علماء الشيعة الكثير من الصحابة مرتدين وخارجين عن الإسلام لرفضهم إمامة علي وتخاذلهم عن نصرته باستثناء القليل منهم لا يعرف عددهم تحديدا فيقال ثلاثة أو أربعة منهم، وفي روايات أخرى سبعة،[70] ويصل عددهم في بعض الروايات إلى سبعمائة [71][72] كما تضاربت الروايات حول هويتهم فيذكر منهم الزبير بن العوام وطلحة بن عبيد الله والعباس بن عبد المطلب والفضل بن العباس وخالد بن سعيد بن العاص والمقداد بن عمرو وسلمان الفارسي وعمار بن ياسر وأبو ذر الغفاري والبراء بن عازب وأبي بن كعب،[73] وهناك روايات في كتب الشيعة تقول أن بني هاشم لم يبايعوا أبو بكر.[62] تقول الروايات الشيعية أن منزل علي تعرض للاقتحام أكثر من مرة وتعرضت زوجته للضرب وكسر ضلعها وإجهاض جنينها المحسن حين عصرها عمر بن الخطاب -وفي بعض الروايات قنفذ مولى عمر- بين باب منزلها والحائط،[74][75][76] وهدد عمر بن الخطاب -حسب الروايات الشيعية- بحرق البيت فخرج إليه الزبير بن العوام مستلا سيفه لكنه تعثر فأخذوا منه سيفه، بينما تنفي الروايات السنية حصول هذا الأمر، وأن الصحابة كانوا متآلفين، وذكر سليم بن قيس في كتابه أن عليا -حسب وجهة النظر الشيعية- رُبط بالحبال وتكالب عليه الناس أثناء مقاومته لمهاجمي داره وكاد أن يُقتل لولا أن حال بينه وبينهم زوجته فاطمة.[77][78] على الرغم من ذلك يصحح رجال الدين الشيعة كذلك روايات مفادها أن علي بن أبي طالب التزم بمبدأ التقية مع أنهم يعتبروا الصحابة مغتصبين لإرث النبوة، ولم يطالب علي بحقه في القصاص لزوجته طوال فترة حكم الخلفاء الثلاثة مما يعتبره السنة موقف لا يليق بعلي بن أبي طالب مما ينكروا حدوث هذا الأمر من الأصل، بينما يقول الشيعة بأنه التزام بوصية أوصاه بها محمد قبل وفاته -حسب الروايات الشيعية وينكرها السنة- جاء فيها: «يا علي ستغدر بك الأمة من بعدي، فقلت يا رسول الله فما تعهد إلي إذا كان كذلك؟ فقال: إن وجدت أعوانا فانبذ إليهم وجاهدهم. وإن لم تجد أعوانا فكف يدك واحقن دمك حتى تجد على إقامة الدين وكتاب الله وسنتي أعوانا»،[79]. فاستنصر علي القوم فلم يجبه غير أربعة أو خمسة [80][81] لكن علي قال لو كانوا أربعين رجلا لقاوم، فبايع كارها متبعا الوصية وحقناً لدمه؛[82] وفي رواية أخرى أوردها اليعقوبي أن أبا سفيان بن حرب وبايع علي، وذهب خالد بن سعيد إلى علي يبايعه قائلا له: «هلم أبايعك، فو الله ما في الناس أحد أولى بمقام محمد منك» فأقبل عليه أربعون رجلا فبايعوه، واعتزلوا في بيت علي وبلغ أبا بكر وعمر أن جماعة من المهاجرين والأنصار قد اجتمعوا مع علي بن أبي طالب، فأتوا في جماعة واقتحموا البيت واشتبك عمر مع علي -حسب الروايات الشيعية التي ينكرها السنة- إلا أن فاطمة زوجة علي هددتهم قائلة: «والله لتخرجن أو لأكشفن شعري ولأعجن إلى الله!» فخرجوا وأقام أتباع علي في بيته أياما لكنهم خرجوا واحدا تلو الآخر يبايعون أبي بكر ولم يبق إلا علي، فبايع بعدها بستة أشهر.[73] بعدها مكث في بيته حتى جمع القرآن،[83] كما أنه اعتزل العمل السياسي وتفرغ لخدمة أهله وزراعة الحدائق والبساتين وحفر الآبار التي تعرف حاليا بآبار علي.